医院设有呼吸内科、心血管内科、神经内科、肾内科、消化内科、肿瘤内科、内分泌糖尿病科、康复医学科肿瘤早期治疗、胃肠肿瘤外科二区、胃肠肿瘤外科三区、风湿免疫科、普外科、胸外科、肝胆胰血管外科、肿瘤放疗科、乳腺外科、肿瘤外科、心脏外科、神经外科、胆道外科、泌尿外科、骨科、骨伤科、妇产科、儿外科、儿科、新生儿救治、小儿骨科、眼科、耳鼻喉头颈外科、口腔科、中医科、整形美容烧伤科、感染性疾病科、疼痛科、皮肤科、脑卒中康复科、血液淋巴瘤专病、血液骨髓移植、难治性乳腺炎、乳房整形再造、中西医结合糖尿病诊疗专科、综合诊室、针灸科、介入诊疗科、麻醉手术科血液科、放射影像科、重症医学科、急危重症医学部、内镜诊疗部、脂肪肝专科、睡眠专科、核医学科、急诊部、急诊外科、急诊内科、肿瘤心理、肿瘤中医、肿瘤营养、糖尿病健康教育、全科医学、临床护理、体检中心、药学部、放射影像科、检验科、输血科、病理科、超声影像科、内镜中心、心电功能科、高压氧科、营养科、心理科、输血科、心血管研究所、保健门诊、生殖男科门诊、结核病门诊、不孕不育门诊、癫痫门诊、肺癌多学科联合诊治（MDT）门诊、胃肠肿瘤多学科联合诊治（MDT）门诊、肺结节专科门诊、伤口造口门诊、厦门市肿瘤中心、泌尿系统疾病诊治中心、内分泌代谢疾病中心、脑科中心、福建省儿童医疗救护分中心、福建省新生儿救护厦门分中心、闽南PET（派特）中心等临床科室和医技科室。
一、国家重点专科：儿科、临床护理。
二、福建省重点专科：中西医结合糖尿病专病、福建省新生儿救护厦门分中心、福建省儿童医疗救护分中心、闽南PET-CT中心。
三、厦门市重点学科：心血管内科、耳鼻喉头颈外科、儿科重症医学专科、中西医结合糖尿病诊疗专科、重症医学科（ICU）、核医学科、临床护理。
四、厦门市规划重点学科：肺科、胆胰外科、妇科肿瘤专科、儿科呼吸专业、新生儿救治、传染病科、烧伤科、重症医学专科、放射影像科、消化内镜室。
五、厦门市领先学科：泌尿中心、肾内科、肿瘤中心、内分泌代谢疾病中心、脑科中心、儿科。
一、优势病种：经系统肿瘤、脑血管病、颅脑损伤、功能神经外科、小儿和脊柱神经外科疾病、急性心梗、恶性心律失常、顽固性心衰等心血管急危重症、消化道疾病、风湿病、骨关节病、老年心血管病、糖尿病、肠道肿瘤、乳腺癌、甲状腺癌、食管癌、肺癌、肝胆胰肿瘤、冠心病、心脑血管病、癫痫病、急慢性白血病、恶性淋巴瘤、多发性骨髓瘤、骨髓增殖性疾病、贫血、出凝血性疾病、胃肠、肛肠、甲状腺、疝/腹壁疾病。
二、优势技术：脑积水后巨颅畸形颅腔重建手术、溶栓、急性冠脉介入术、胸腔镜微创肺癌根治术、胸腔镜微创食管癌根治术、胸腺切除、全腹腔镜胃癌根治术、右侧入路脾门淋巴结清扫术、腹腔镜超低位直肠癌保肛手术、腹腔镜全大肠切除术、乳腺癌保乳手术、中药外用熏蒸、中药穴位离子导入、心脏移植手术、不停跳CABG术、嗜铬细胞瘤手术、肝移植手术、大血管的移植及重建术、疝修补术、甲状腺手术、腹腔镜下胃癌根治术、后矢状入路肛门成形术、吻合巨结肠根治术。
